Климатические условия участков Национального парка "Сайлюгемский" различны.

В долине реки Аргут зимний период длится с конца октября до конца марта. Среднегодовое количество осадков составляет 400-700 мм, температура воздуха в январе  -18 -22° С, в июле +15 -17°С. Безморозный период достигает 90 дней в году. Участок Аргут значительно увлажнен, в связи с чем в нем представлены практически все высотные растительные пояса Центрального Алтая.

Климат в районе хребта Сайлюгем достаточно суровый, резко континентальный. Продолжительность безморозного периода составляет 35-60 дней, среднемесячная температура января −32° С, а минимальная температура опускается до −62° С. Амплитуда температур в году достигает 120° С, а в течение дня летом может составлять более 30° С. Зима здесь малоснежная, высота снежного покрова 3-9 см, в высокогорье может достигать 80-100 см. Сумма осадков на не превышает 250-300 мм в год.