Главные задачи отдела научных исследований и мониторинга Сайлюгемского национального парка - разработка эффективных способов охраны снежного барса и алтайского горного барана аргали.

Учитывая приграничное расположение охраняемой природной территории, огромное внимание уделяется развитию международного сотрудничества с коллегами из Монголии. На этой приграничной территории со стороны двух государств обитает трансграничная группировка аргали в 1100-1200 особей. Кроме того, со стороны Монголии к границам «Сайлюгемского» национального парка примыкает кластер национального парка «Силкхемин Нууру», сохраняющий важнейшие места обитания аргали на южном макросклоне хребта Сайлюгем в Монголии.

На сегодняшний день обследована территория кластеров «Сайлюгем» и «Уландрык» (67 тысяч гектаров), выполнена инвентаризация флоры высших сосудистых растений и флоры лишайников на этих участках, проводится мониторинг редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных и растений, ведется Летопись природы, стартовала работа по ландшафтному картированию территории, проведены зимние и осенние учеты алтайских горных баранов – аргали.

В области международного сотрудничества запланированы исследования популяции сибирского горного козла на территории ООПТ в партнерстве с ветеринарным факультетом швейцарского университета в городе Берн.

Разработана программа совместной работы с коллегами приграничного парка «Силкхемин Нууру» по наблюдению за трансграничной группировкой аргали.